從雙鳳村和長(zhǎng)直集村發(fā)掘的石刀、石斧、石鑿等文物驗(yàn)證，嘉祥縣遠(yuǎn)在新石器時(shí)代就有人聚居。數(shù)千年來(lái)，隸屬多變。

西周時(shí)屬兗州，春秋時(shí)屬魯國(guó)南武城，戰(zhàn)國(guó)時(shí)屬齊國(guó)，秦朝時(shí)屬薛郡愛戚縣。到三國(guó)（魏）時(shí)屬兗州山陽(yáng)郡巨野縣。公元265年（西晉泰始元年）屬兗州高平國(guó)巨野縣。

公元395年（東晉天平元年）分屬兗州高平郡巨野縣和兗州任城郡任城縣。

公元612年（隋大業(yè)八年）分屬兗州東平郡巨野縣和兗州魯郡任城縣。公元741年（唐開元二十九年）分屬河南道鄆州東平郡巨野縣和河南道魯郡任城縣。

公元907年（五代后梁開平元年）分屬河南道鄆州東平郡巨野縣和河南道兗州魯郡任城縣。公元952年（五代后周廣順二年）分屬河南道濟(jì)州巨野縣、任城縣，1074年（北宋熙寧七年）屬京東西路濟(jì)州巨野縣、任城縣。

1147年（南宋紹興十七年，金皇統(tǒng)七年），析巨野、任城二縣地置縣，治所設(shè)在山口鎮(zhèn)。借春秋時(shí)魯哀公十四年春“西獰獲麟”的故事，取其祥瑞之意，定名為嘉祥縣，時(shí)屬山東西路濟(jì)州。元初屬山東東西道濟(jì)寧路總管府。

1252年（元憲宗二年），屬山東東西道東平路總管府。1266年（元至元三年）改屬濟(jì)州。1279年（至元十六年），屬濟(jì)寧路單州。明初隸屬未變。1371年（明洪武四年）屬山東布政司濟(jì)寧府。1385年（洪武十八年）屬兗州府。清初屬山東省兗州府濟(jì)寧州，1724年（清雍正二年）屬濟(jì)寧直隸州。1735年（雍正八年）屬曹州府濟(jì)寧州。1735年（雍正十三年）屬兗州府濟(jì)寧州。1776年（清乾隆四十一年）復(fù)屬濟(jì)寧直隸州。

1913年屬山東省岱南道，1914年改屬濟(jì)寧道。

1928年5月，直屬山東省。1941年，國(guó)民黨嘉祥縣政府隸屬山東省第二專署。

1938年11月，日偽嘉祥縣公署隸屬日偽山東省公署魯西道尹公署。1939年7月，日偽嘉祥縣公署隸屬日偽山東省公署兗濟(jì)道尹公署。

1944年10月，嘉祥縣抗日民主政府成立，隸屬冀魯豫十一專署巨南辦事處。 1945年11月，隸屬背魯預(yù)三專署。

1946年1月，隸屬冀魯豫七專署，1946年3月，隸屬冀魯豫二專署。1946年11月，隸屬冀魯豫七專署。1949年8月，嘉祥縣屬平原省湖西專區(qū)。1952年11月，屬山東省湖西專區(qū)，1953年8月，屬山東省濟(jì)寧專區(qū)。1958年11月撤銷嘉祥縣建制，大部地區(qū)并入濟(jì)寧市；1962年1月，恢復(fù)嘉祥縣原建制，仍屬山東省濟(jì)寧專區(qū)。1967年2月，嘉祥縣屬山東省濟(jì)寧地區(qū)。1983年10月，嘉祥縣屬山東省濟(jì)寧市。

明萬(wàn)歷《嘉祥縣志》記載：“嘉祥縣境東到濟(jì)寧州界八里，西至巨野縣界二十五里，南至金鄉(xiāng)縣界四十五里，北至汶上縣界二十五里。”清光緒《嘉祥縣志》載：“東至濟(jì)寧州界十里”，其余均同明萬(wàn)歷《嘉祥縣志》記載。1920年《山東各縣鄉(xiāng)土調(diào)查錄》載：“嘉祥縣境東至濟(jì)寧縣界周村鋪十里，西至巨野縣界楊家樓二十五里，南至金鄉(xiāng)縣界陳家坡五十里，北至汶上縣界大堤頭二十五里。”直至1944年8月，嘉祥縣境沒有大的變動(dòng)。

1944年8月，原屬巨野縣的樂土村、府君廟、范店、黃山頭、吳平坊、龐莊、齊山、馬山、核桃園、魏莊、滿莊、前王莊、后王莊、前山王程店、后山王程店、劉莊、李街、張街18個(gè)村劃歸嘉祥縣，同時(shí)將嘉祥縣的獨(dú)山頭和禹莊劃歸巨野縣。

1946年9月，原屬嘉祥縣的辛莊、于莊、太平莊、大店子、店子、寺前鋪、秦嘴、水牛陳、長(zhǎng)溝9個(gè)村莊劃歸新設(shè)的濟(jì)北縣。

1947年6月，濟(jì)北縣第四區(qū)劃歸嘉祥縣，改稱嘉祥縣王集區(qū)。

1949年9月，原濟(jì)寧縣的安居、喻屯、王貴屯3個(gè)區(qū)劃歸嘉祥縣。

1953年8月，撤銷南旺縣建制，原屬該縣的黃垓、梁寶寺、馬村、孟姑集4個(gè)區(qū)44個(gè)鄉(xiāng)242個(gè)村劃歸嘉祥縣。同時(shí)將十一區(qū)（王貴屯）東南部的小口門等44個(gè)村莊劃歸微山縣。

1956年3月，濟(jì)寧縣西部的三韓鄉(xiāng)、康廟鄉(xiāng)和長(zhǎng)溝鎮(zhèn)劃歸嘉祥縣瞳里區(qū)。同年9月，安居、唐口、喻屯3個(gè)區(qū)及瞳里區(qū)的長(zhǎng)溝鎮(zhèn)、三韓鄉(xiāng)、康廟鄉(xiāng)劃歸濟(jì)寧縣。

1958年春，原屬巨野縣的薛家莊、南李莊2村劃歸嘉祥縣孟姑集區(qū)。同年11月撤銷嘉祥縣建制，大部轄區(qū)并入濟(jì)寧市；南部滿硐、核桃園一帶30個(gè)自然村劃歸金鄉(xiāng)縣；西部仲山、酒莊、孟姑集一帶90個(gè)自然村劃歸巨野縣；北部梁寶寺、老僧堂、黃垓一帶124個(gè)自然村劃歸鄆城縣。

1962年1月，恢復(fù)嘉祥縣建制，縣境與前相同。

1990年1月，核桃園鄉(xiāng)劃歸巨野縣。

2014年2月，疃里鎮(zhèn)、馬集鎮(zhèn)由濟(jì)寧經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)代管。